农业农村部长江下游棉花与油菜重点实验室是棉花生物学与遗传育种学科群和油料生物学与遗传育种学科群建设的主要内容。于2011年批准建设，2012年3月24日在江苏南京启动并召开了学术委员会第一次会议。2015年获得农业部批复，2016年下达投资经费，2018年11月通过验收。重点实验室由固定人员和流动人员组成。固定人员包括研究人员、技术人员和管理人员，流动人员包括访问学者、研究生和博士后研究人员。目前，实验室有固定人员37人，其中高级职称27人，正高级职称13人，具博士学位的固定人员 22人，符合实验室固定人员和结构。“十三五”期间，在本实验室开展研究的流动人员达到 26人，3名博士后出站。实验室建设以来，针对长江下游棉花与油菜生产存在的品种遗传多样性差、机械化程度低、对逆境胁迫的抗性差等问题，紧密结合棉花、油菜生物学与遗传育种综合实验室、专业实验室和区域内实验站的研究工作，致力于棉花与油菜遗传多样性研究与核心种质构建、优异基因资源发掘、优异新种质创制与评价，开展棉花与品质性状形成机理、棉花与油菜杂种优势分子机理、逆境生理生态与分子机理等方面的研究，开展相关技术的集成与示范。

十三五以来，实验室已初步形成了棉花种质资源评价与利用、棉花遗传育种、棉花分子育种、棉花栽培与生态评价、油菜种质资源评价与利用、油菜遗传育种、油菜生物技术七个重点学科。通过资源的整合与人才的培养，各个学科的人员结构更合理，初、中、高级固定人员各占一定比例。在五年的建设期间，各个学科新进人员的专业背景与学科的研究方向紧密结合，根据学科研究方向和人才成长的规律特点，在人才、科研项目、研究方向上进行合理调整，实行导向性的支持方式，学科间形成了合理的资源配置。

实验室共获得各类奖项9项，其中实验室人员参与的项目“棉花优质高产协同理论与高效栽培技术”获中华农业科技一等奖，“油菜耐渍性遗传机理与新品种选育应用”获湖北省一等奖，“作物生殖发育过程中的碳分配和表观调控机制研究”获湖南省自然科学奖一等奖；承担各类科研项目45项，项目总经费4566万元。其中主持“十三五”国家重点研发项目1项、课题3项，国家转基因重大专项1项，国家自然科学基金项目8项（其中面上项目5项）；共设立“麦（油）后直播棉早熟高产的源库特征及调控机制”等开放课题4个，合同总经费40万元；共发表论文132篇，其中发表在Plant Cell & Environment、Biotechnology for Biofuels、Theor Appl Genet和Frontiers in Plant Science等SCI论文28篇。出版专著3部；申报专利26项，其中PCT专利3项。制订江苏省地方标准4项；共审定新品种8个，其中宁R101、宁油26、宁杂559和瑞油501油菜新品种通过国家审定，获得植物新品种保护权11项；共转让宁杂118、宁杂1838、宁油26、瑞油501、宁R101、宁杂27、宁杂31和宁油20号油菜新品种8个，共获得品种转让费100.8万元；棉花新品系转让获得成果转化资金150万，为后续建立紧密、长效的科企合作模式科企合作模式奠定了良好基础；与相关企业、高校和研究所合作，开展棉花和油菜新品种培育和绿色高效种植关键技术服务，共获得技术服务费151.84万元。

实验室十分重视人才的带动作用，制定了引进和培养优秀人才的政策措施。通过五年的努力，实验室的团队结构进一步改善，优秀年轻科研人员和博士后的加入，使整个团队更加趋向于年轻化，更有活力和创新能力，在基础研究和应用基础研究方面的研究水平也有较快的提升。“十三五”期间，4人晋级为四级研究员，7人晋级为副研究员；新增江苏大学硕士生导师4名，培养博士后流动人员3名，博士生1名，硕士生22名；1人聘为油菜产业技术体系长江下游育种岗位科学家；7人被评为江苏省“333高层次人才培养工程” 培养对象；1人被评为“江苏省三八红旗手荣誉称号”；1人入选院双向博士后培养计划；3人入选江苏省农业科学院三级人才计划；4人获国家留学基金委、江苏省和院公派留学奖学金资助出国访问学习；1人挂职现代农业产业园区管委会副主任，1人挂职副区长，深入产业一线开展科技扶贫，效果显著。

在资源共享方面，实验室内部已经实现了仪器设备和基础研究数据的共享。其中原子吸收分光光度计、流动分析仪、植物光合测定仪、总有机碳分析仪、微波消减系统、荧光定量PCR仪、遗传分析系统、傅立叶变换红外光谱仪、全自动电泳仪、荧光倒置显微镜和离心浓缩仪多功能酶标仪等仪器设备已在江苏省农业科学院中心实验室平台共享，在全院范围内实现资源共享利用。

在硬件开放的同时，实验室积累的技术、基础数据、种质资源对本学科群开放。棉花抗病、耐盐碱鉴定技术与科研设施、油菜品质鉴定技术在学科群内共享。棉花与油菜种质资源材料、种质资源鉴定数据、抗性鉴定数据及其它基础研究数据在学科群内共享。重点实验室科研仪器设备均按照农业部及综合性重点实验室要求全部对外开放，并由专人负责管理和维护，保障其高效运转和开放共享。在硬件开放的同时，实验室积累的部分基础数据、种质资源对本学科群开放。相关研究人员可以免费、自由的共享实验室相关基础数据。重点实验室将不断提高大型仪器的共享程度和实验室的开放程度。

5年期间选派4位实验室科技骨干出国访问学习，每年召开实验室年度工作总结与计划会议，积极参加学科群交流与观摩会。联合申报国家重点研发计划“长江下游及黄淮油菜高产优质适宜机械化新品种培育”和“长江流域高产高效棉花新品种培育”并获资助。充分体现了“开放、流动、联合、竞争”的运行机制。

实验室实行主任负责制，实验室主任负责实验室的全面工作，并设立副主任3名、秘书2名。依托单位江苏省农业科学院在重点学科建设、人才引进和队伍建设、研究生培养指标、自主选题研究等方面对实验室给予重点支持；提供人力资源、科研场所和仪器设备等条件保障；组织实验室的申报、论证，制定运行管理的实施细则，解决实验室建设运行中的有关问题。

通过五年的建设，实验室建立了符合科技创新规律、重大成果产出需求和科研道德规范要求的实验室创新文化，营造了团结协作、学术自由、潜心研究的学术氛围。主要措施有：（1）鼓励科研人员关注农业生产存在的实际问题，关注经济社会需求，努力做出有原创性的、解决生产重大问题的科研成果；（2）尊重科研活动的客观规律，鼓励科研人员持续研究和长期积累，推动营造理性质疑、学术民主、兼容并重、奖掖后学的良好氛围；（3）发挥学术交流对人才的培养促进作用，搭建多种形式、不同层次的合作交流平台，推动优秀人才拓展视野，提升能力；（4）通过对靡林等杰出农业科技人物的宣传，增加科研人员的社会责任感和使命感，加强科学道德和学风建设，使科研诚信成为科研人员的行为规范。