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经作所和资源所共同在《Database》发表文章
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    近日,牛津大学出版社旗下杂志Database在线发表了题为GrTEdb: the first web-based database of transposable elements in cotton (Gossypium raimondii)的论文。经作所徐珍珍和资源所刘静为共同第一作者,经作所沈新莲研究员和资源所杜建厂研究员为共同通讯作者。经作所、资源所和中国农科院棉花所的相关科研人员也参与了部分工作。
     转座元件是指能够在基因组中移动的DNA片段。美国科学家Barbara McClintock由于首次在玉米中发现了转座元件,而于1983年获得了诺贝尔生理学奖。近年来,基因组学的研究表明,这些以前被称作“垃圾DNA”的物质,在基因组构成,调节基因表达,形成非编码RNA,以及新基因的产生等方面都发挥着重要作用。我院相关科研人员利用公开发表的雷蒙德氏棉基因组信息,鉴定了14000多个插入位置明确的转座元件,并首次建立了可视化的棉花转座元件操作界面,供相关研究人员进行数据的浏览、下载、同源搜索等操作,为从事棉花遗传育种工作的科研人员和从事转座元件相关的科研人员提供了数据来源。
    Database(The Journal of Biological Databases and Curation)是近年来牛津大学出版社新创刊的供读者开放阅读的杂志,旨在围绕生物学信息,发表数据库相关的新颖的观点,并为数据库开发者、管理者、使用者搭建交流的平台。根据中科院分区,Database为生物学大类学科二区杂志,近5年平均影响因子3.98,在56个数学与计算生物学杂志中排名第8。
    本研究得到了国家自然科学基金、江苏省自然科学基金、江苏省自主创新基金,以及棉花生物学国家重点实验室开放课题的资助。
 
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   论文相关链接:https://academic.oup.com/database/article/3084694/
   数据库相关链接:http://www.grtedb.org/